Жизнь клетки.

Etherlord · Post by **Etherlord** » 07 Nov 2006 23:05

KP580BE51 wrote:
Etherlord wrote:Вот, как он точнее шагает:

http://valelab.ucsf.edu/images/mov-proc ... inrev5.mov

Это мультик или все серьезно?

Это из моей ссылки - серьезно. Промоделировали достаточно точно, было несколько статей в серьезных научных журналах по теме.
Модели строили на базе NMR и кристаллографии, насколько я помню.

KP580BE51 · Post by **KP580BE51** » 07 Nov 2006 23:35

Etherlord wrote:
KP580BE51 wrote:
Etherlord wrote:Вот, как он точнее шагает:

http://valelab.ucsf.edu/images/mov-proc ... inrev5.mov

Это мультик или все серьезно?

Это из моей ссылки - серьезно. Промоделировали достаточно точно,

если я себя промоделирую в виде Годзилы, это будет серьезно?

было несколько статей в серьезных научных журналах по теме.
Модели строили на базе NMR и кристаллографии, насколько я помню.

Как NMR моожет получить 3д картинку да и еще не внеся в нее погрешность?

bulochka · Post by **bulochka** » 07 Nov 2006 23:44

Вот описание того, как был сделан мультик, ссылку на который дал Etherlord.

The surface features of the kinesin motor domains and the microtubule protofilament were rendered from X-ray and EM crystallographic structures by Graham Johnson (fiVth media: www.fiVth.com) using the programs MolView, Strata Studio Pro and Cinema 4D. PDB files used were human conventional kinesin (prestroke, red: #1BG2) and rat conventional kinesin (poststroke, yellow: #2KIN). In human conventional kinesin, the neck linker is mobile and its located in the prestroke state is estimated from cryo-electron microscopy data. Transitions between states are computer-coordinated extrapolations between the prestroke and poststroke positions.

Etherlord · Post by **Etherlord** » 07 Nov 2006 23:50

KP580BE51 wrote:если я себя промоделирую в виде Годзилы, это будет серьезно?

Нет.

KP580BE51 wrote:
было несколько статей в серьезных научных журналах по теме.
Модели строили на базе NMR и кристаллографии, насколько я помню.

Как NMR моожет получить 3д картинку да и еще не внеся в нее погрешность?

Там не все так просто.
Движущаяся 3D картинка получается из комбинации картинок полученых из построения трехмерной модели каждого переходного состояния, полученой в свою очередь с помощью разных методов. Рентгеноструктурный анализ + NMR + вычисления, в основном.

О том, как получают 3D картинку здесь, скажу, что разрешение достаточное для деталей из мультика:
http://pdbdev.sdsc.edu:48346/pdb/experi ... thods.html

Как делают 3D NMR imaging - есть немного здесь
http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS2/project ... /3dnmr.htm
http://www.biochem.mpg.de/moroder/nmr/s ... _engl.html
http://www.sciencesoft.net/3DAnalysis.html

3D структуры хранятся в базе данных здесь:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/quer ... =Structure

P.S. Детали лучше распросить у Noskov Sergey, он об этом много получше меня знает. Я могу только в общих чертах набросать.

Noskov Sergey · Post by **Noskov Sergey** » 08 Nov 2006 00:22

KP580BE51

Пространственные структуры белков и методы их получения с использованием ЯМР обсуждались на самой заре данного раздела. В ЯМР обычно получают не одну, но целый пучок структур.

http://forum.privet.com/viewtopic.php?t=36013

Разрешение структур обычно в диапазоне 1-4 А т.е. видны атомные детали, для больших агломератов похуже, но не обязательно. В мультике есть еще картинки из крио-электронной микроскопии, в частности рибозома работы Иохимма Франка их Водсвортсового центра в Албани. Сегмены микро-трубочек - тубулины решены с помощью кристаллографии, как и комплекс сигнальных протеинов, структура кинезина также известна.