Graduate Student Position

[Komissar]

Как ни крути, а пока "расчеты" сильны лишь задним умом об'яснять (или даже чаще создавать видимость об'яснения), но не предсказывать поведение об'екта.

Насчет комби только для фармации - это далеко не так. Комби нужна/полезна везде, где требуется эмпирический подход в нахождении/создании материала и/или его свойства (synthesis/screening).

Просто в фармации крутятся самые большие химические $$$, поэтому фармация традиционно первой внедряет и пробует всякие новшества, будь то MM, QSAR, MD, топологические индексы, кванты и т.д. Они и астрологам будут с радостью платить (а по слухам - таки платят), если те на возможно ранней стадии будут предсказывать успех/провал lead candidates.

А комби сейчас большими шагами внедряют и в поисках катализатора (гетеро- и гомо-, здравствуйте, нефтяные доллары!), и в поиске полимеров с заданным набором свойств, красителей, сплавов и т.д. Просто это делается сейчас как рутина, без помпы ранних шагов комбикема в начале 90-х.

Даже я перед тонировкой очередного стула создаю на дощечке combinatorial library, где в разных пропорциях смешаны тонировки разных оттенков, подбирая нужную пропорцию cherry : golden_oak : red_oak : mahogany

[Noskov Sergey]

Опять же не согласен. "Обьект" уж больно расплывчато здесь. Кинетику газо-фазной реакции можно и де ново, спектры и т.п. тоже, что-то посложней а lead compound или даже big new catalust уже явно посложней, то здесь ещё расти и расти. По словам дядек из big pharma, HTPS как раз не слишком оправдал ожиданий.

С другой стороны, сейчас достаточно сложных и дорогих в расчетах методов (тот-же Zwanzig-Mori из которого растут все расчеты свободных энергий - free energy simulations) дают точность порядка 2-3 kcal/mol per binding constant. Но никто в здравом уме не будет делать этот "self-moderated " для базы из миллиона соединений. Кстати есть интересный прецендент, когда для Т4-лизосима один из лигандов давал computed dG way off экспериментально померянного. В итоге перемеряли и все стало шоколадно, ошибка была в экспериментальных константах.

Касательно предсказать, тут вышла статейка о том, что 90 % из предсказанных теоретиками (нами) эффекты имеют место быть. Oбласть действий -биосенсоры, место предсказаний - эффекты точечных мутаций на чуствительность сенсоров к ионным токам. Мелочь, а приятно.


Но речь в топике собственно не об этом, а он том, что я ищу аспиранта.

[Komissar]

модератор, пожалуйста, отнесите предыдыщие 5 посты в "Науку", если можно - откройте тему: Химия и Биология: расчеты vs эмпирика.

У меня, как бывшего расчетчика, а ныне тусующегося с Биг Фармой и Биг Ойлом на каждодневной основе по поводу ПО, много контраргументов для Сергея, но негоже засорять его "поисковый" топик.

[flip_flop]

модератор, пожалуйста, отнесите предыдыщие 5 посты в "Науку", если можно - откройте тему: Химия и Биология: расчеты vs эмпирика.

У меня, как бывшего расчетчика, а ныне тусующегося с Биг Фармой и Биг Ойлом на каждодневной основе по поводу ПО, много контраргументов для Сергея, но негоже засорять его "поисковый" топик.

Done:
http://forum.privet.com/viewtopic.php?t ... highlight=

[Evgueni]

Сергей, а пост-доки Вам часом не требуются? Background - physical chemistry, опыт как экспериментальный (ХРS, SIMS, Auger etc), так и computational (Gaussian, VASP, Monte-Carlo simulations, C++ programming). Более 10 публикаций, трудолюбивый

[HACOH]

Сергей, а пост-доки Вам часом не требуются? Background - physical chemistry, опыт как экспериментальный (ХРS, SIMS, Auger etc), так и computational (Gaussian, VASP, Monte-Carlo simulations, C++ programming). Более 10 публикаций, трудолюбивый

А что такое Gaussian, простите за любопытство?

[Noskov Sergey]

Evgueni,

Отвечаю по ходу дела, пост-док может понадобиться летом, в настоящий момент на пост-дока денег нет, но ожидаются (~June 2007). Проект там, не совсем с использованием Гауссианов или им подобных, но скорее по методам совместно с народом с химии (D.Salahub & T.Ziegler) и включением разработок в стандартные пакеты типа DeMON, CHARMM etc. QM/MM mainly + some applications towards membrane proteins.

НАСОН
Гауссиан, эта мега-компания создавшая в свое время пакет Гауссиан для квантово-мех расчетов и продвигающая его совершенно дикими методами. Например запрещая публиковать benchmarking, science alliances with people from Gaussian blakc list etc.

Мило, очень мило:

http://www.msg.ameslab.gov/ (here is Mark Gordon teasing Gaussian people)
http://www.bannedbygaussian.org/

BTW, almost all QM people here at the UofC are banned from the Gaussian use.